1、霉菌属于好氧真菌，主要存在于白酒发酵前期，主要包括根霉、曲霉、毛霉和红曲霉等。霉菌在白酒生产中主要起启动因子作用，能够为发酵提供大量的酶系（淀粉酶、糖化酶，蛋白酶、纤维素酶、半纤维素酶、脂肪酶和果胶酶等），是糖化酶和酸性蛋白酶的主要来源。这些酶能够分解原料中大分子营养物质，以供其他微生物生长和代谢。同时，部分霉菌还能产生柠檬酸、琥珀酸及乙酸等有机酸和乙醇。
2、常见的细菌有乳酸菌、己酸菌、醋酸菌、丁酸菌等，细菌在白酒发酵中能够产生一些与酯类相对应的酸类物质，是形成风味物质的前提。细菌能够分泌淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶和脂肪酶，有些细菌也能产生果胶酶。通过ED途径，部分细菌还能利用葡萄糖发酵成少量酒精。
3、酵母菌有酿酒酵母、毕赤酵母、汉逊酵母、球拟酵母和假丝酵母等，为专性或兼性厌氧菌，在白酒发酵中扮演着很重要的角色，起到产酒和生香的作用。酵母菌能产生的酶类有酒化酶、酯化酶、杂醇油酶和脂肪酶。在厌氧条件下，酵母菌通过糖酵解和丙酮无氧降解两大途径，将葡萄糖发酵生成酒精和二氧化碳，同时还能产生多种有机酸、高级醇和甘油等物质。最为重要的是，酵母菌的生化反应过程还能形成酯类，为白酒提供重要的香味物质。
4、放线菌虽然在发酵过程中分布相对较少，但也起到重要作用。部分窖泥放线菌可以分解造成窖泥板结和老化的硫化物，从而改善酒质。而有些放线菌菌株能产生纤维素酶、淀粉酶、蛋白酶，帮助发酵原料的分解。放线菌中的甲烷菌还是众多大型浓香工厂鉴定窖池窖泥的重要参考之一。
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