1、两者的资助层级不同：国家助学金的名额是由国家财政部决定的。主要资助家庭经济困难学生的生活费用开支，申请者需要符合基本条件并向学校提交国家助学金申请表。而贫困生补助金是一个逐级向下的过程，经过省、市、县一层一层筛选。
2、两者的审查过程不同：国家助学金是中央与地方政府共同出资设立的，用于资助家庭经济困难的全日制普通本专科（含高职、第二学士学位）在校学生的助学金。而贫困生补助金是由国家下拨到所在省份，再由省级一级级向下分，它需要一个审查的过程。还要分不同的城市，学校下方的时间不同。
3、两者在申请文件上的盖章不同：国家助学金的章印不需要三个之多，而需要学校的章印。而贫困生补助金必须开具贫困证明，贫困证明要盖三个章，也就是村、镇、县三级政府民政部门公章，然后由学校审核通过后方可得到补助。
4、两者资助标准不同：国家助学金的平均资助标准为每生每年3000元，具体标准在每生每年1500-4000元范围内确定，可以分为2-3档。中央高校国家助学金分档及具体标准由财政部商有关部门确定，地方高校国家助学金分档及具体标准由各省（自治区、直辖市）确定。而贫困生补助金平均资助标准为每生每年2000元，具体标准在每生每年1000-3000元范围内确定，可分为2-3档。
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