申时行，字汝默，长洲人。嘉靖四十一年(1562)的进士第一。授职为修撰。历任左庶子，负责翰林院的事务。
万历五年(1577)，由礼部右侍郎改任吏部职。当时申时行因为文采与书法而受张居正赏识，含蓄宽容不标新立异，张居正安抚他。六年三月，张居正准备回乡安葬父亲，奏请扩充内阁大臣，他便以左侍郎兼东阁大学士的身份入阁参与机要事务。此后，晋升为礼部尚书兼职文渊阁，升任少傅兼太子太傅、吏部尚书、建极殿学士。张居正揽权很久，操纵部下如同拧去湿水，异己之人全部驱除。等到张居正去世，张四维、申时行相继执政，实行宽大政策。依次召收老练成熟之人，安排在各个职位，朝廷的议论大都称赞此举。然而，此时内阁的权势很重，六卿大都依从内阁大臣的指向。诸位大臣由张四维、申时行起用，大臣们对他们的宽大之举感到高兴，大都与他们很友好。
张四维服丧回乡，申时行任首辅。余有丁、许国、王锡爵、王家屏先后同居衙门之中，彼此没有猜疑。此前舆论被张居正控制，到此时才得舒缓。因为张居正一向亲近申时行，人们不能不对他有所讽刺。申时行对外显出胸怀博大，能够容人，内心却本不善良。皇帝虽然高兴言官攻击张居正的缺点，却很厌恶别人评论时事，论事的人间或遭贬官。众人因此都责备申时行，口语交相辱骂。诸位大臣又都袒护，申时行堵塞言官之口，言官更加愤怒，申时行因此损害了自己的威望。
万历十二年(1584)三月，御史张文熙曾谏言以前的内阁大臣的四件专横恣意的事，奏请皇帝永远将其禁革。申时行上奏争辩称“：张文熙称部院的百官不应该设置考成簿，送交内阁监察、考核；吏部、兵部的解职授任，不应该一一由内阁裁决；督抚巡按办事，不应该用密揭请教阁臣；内阁中的票拟，应该让同官知道。阁臣不称职应当罢黜，如果合并他们的职权将阁臣全部革职，这是因噎废食。至于票拟，没有不与同官商议的事。”皇帝也深信如此，废弃张文熙的提议不用。御史丁此吕称侍郎高启愚用试题劝张居正即王位，皇帝御批奏疏后交给申时行看。申时行回答“：丁此吕用不明不白事构陷人以斩首之罪，恐怕谗言会接踵而来，这不是清明的王朝所应该有的。”尚书杨巍于是请求将丁此吕贬出京城，皇帝依从了杨巍的谏言。而给事御史王士性、李植等人交替上奏弹劾杨巍阿谀申时行，堵塞进谏之路。皇帝不久也后悔此事，下令罢免高启愚，将丁此吕留用。申时行、杨巍请求离去。余有丁、许国称：“大臣是国体的维系，现在因为众议而留用丁此吕，恐怕不能安抚申时行、杨巍的心。”许国尤其不堪愤怒，特地上奏请求离去，并攻击那些谏官。副都御史石星、侍郎陆光祖也因此劝谏。皇帝才听从了杨巍的劝谏，将丁此吕贬出京都，安慰、挽留申时行、许国，而舆论群起攻击许国。申时行奏请适当处罚议论的人，议论的人更加不满。不久李植、江东之用大峪山寿宫的事件来动摇申时行未能取胜，被贬职，内阁大臣与言路一天天形同水火。
起初，御史魏允贞、郎中李三才因为科举试场的事论及申时行的儿子申用懋，被贬官。给事中邹元标弹劾并罢免了申时行的姻亲徐学谟，申时行就借别的奏疏将他驱逐了。不久，他观察众情，稍稍提升了三个人的官职，三个人得以不被废黜。世人因此称颂申时行为长者。申时行想收买人心，罢除了张居正时所实行的考成法，一切从简，也多次提出治政意见。曾经因为灾变，极力谏称科税催促太急迫，征派增加，刑狱繁多，开支侈靡等诸事的祸害。又曾经请求阻止抚按官员为支助工程乱罚款，请求减少织造的数额，催促向诸司转发奏章。依照尚宝卿徐贞明的提议，请求在京都地区开辟水田。任用邓子龙、刘彳廷平定陇川，推荐郑洛为经略，催促顺义王东归，压制叶梦熊的奏章以便消弭杨应龙的变乱。然而此时天下太平，上下坦然安逸，法纪逐渐松弛。申时行以遵循圣旨为要务，不能有大的建树。皇帝每每到了讲筵日期大都传令免去。申时行奏请即使免去侍讲仍应呈送讲章。从此之后这就成为成例，于是讲筵被永远罢除。评事名隹于仁呈献《酒色财气四箴》。皇帝大为恼怒，召见申时行等人逐条分析，准备从严责罚。申时行请求皇帝不要向下散发他的奏章，而劝告名隹于仁自己辞职，名隹于仁由此幸免于惩罚。然而奏章留于宫中的做法由此开始。
万历十四年(1586)正月，光宗年满五岁，而郑贵妃得宠，生了皇三子常洵，颇有萌生争夺嫡宗的心思。申时行率领同僚再三请求建立储宫，皇帝不听。朝廷大臣因为贵妃的缘故，大都指责宫闱之事，触怒了皇帝，被严厉训责。皇帝曾下诏让臣下直言政事。郎官刘复初、李懋桧等人明显触犯了贵妃。申时行奏请皇帝颁布诏书，指令各部曹的建议只议论本部门职权之内的事务，听任长官选择性地呈送，不能直接递交皇帝。皇帝甚感高兴，众人大都责怪申时行。
申时行连续奏请建立储宫。万历十八年(1590)，皇帝召见皇长子、皇三子，指令申时行等人到毓德宫觐见。申时行跪拜祝贺，请求皇帝赶紧决定大计。皇帝犹豫了很久，颁布诏书称：“我不喜欢激动、喧扰。近来诸位大臣的奏章一概被留在宫中，厌恶它们离间我父子。如果明年朝廷大臣不再轻慢滋扰，定当在后年册立皇储，否则就等皇长子十五岁时举行册封。”申时行于是就告诫朝廷大臣不要激发惊扰皇帝。
第二年八月，工部主事张有德奏请准备册立仪式的礼节制度。皇帝恼怒，命令延期一年。而且内阁也呈送了奏疏。申时行刚好在度假，次辅许国将申时行的姓名列在第一位。申时行秘密上奏，称：“我正在度假，起初不知道。册立皇储的事，皇帝的意思已经很明确。张有德不识大计，希望皇帝亲自裁定，不要因为小臣的事而妨碍了大典。”因此，给事中罗大..弹劾申时行，称他表面上附和群臣的提议，请求册立皇储，而暗地里延缓此事与内宫交好。中书黄正宾又论说申时行陷害同官，巧妙地避开首犯的罪责。两人都被罢黜官职。御史邹德泳又上奏，申时行极力请求退职。诏令他乘驿车回乡。他回乡三年，光宗才出宫接受讲学，他回乡十年光宗才被立为皇太子。
万历四十年(1614)，申时行八十岁，皇帝派遣行人问候。诏书传到他家门前他就去世了。先因为平定云南岳凤，加封少师兼太子太师、中极殿大学士，令赠封他为太师，谥号文定。