1、采用阳光、紫外线、干燥、高温、蒸煮等方法，杀灭细菌和病毒。
2、用化学药物杀灭病原是最为常用的方法。选用消毒药物应考虑杀菌广谱，有效浓度低，作用快，效果好；二是对人畜无害；三是性质稳定，易溶于水，不易受有机物和其它理化因素影响；四是使用方便，价廉，易于推广；五是无味，无臭，不损坏被消毒物品；六是使用后残留量少或副作用小等。
3、常用该法将被污染的粪便堆积发酵，利用嗜热细菌繁殖时产生高达到70℃以上的热，经过1-2个月可将病毒、细菌、寄生虫卵等病原体杀死。但此法不适用于炭疽、气肿疽等芽孢病原体引起的疫病，这类疫病的粪便应焚烧或深埋。
4、一年内进行2-4次，至少于春秋季各进行一次。牛舍内一切用具每月应消毒一次。
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