1、体型：果蝇和苍蝇同属双翅目昆虫但果蝇的个体与苍蝇相比就小多了。所以他们是属于同目但不同种属的生物，两者的生活习性有很大差异。
2、危害：果蝇有一定的危害性，这与它的生活习性有关，果蝇喜欢生活在果蔬生长和储存的地方，但不是存在于果蔬中，而是当果蔬有变质腐烂以后会吸引果蝇去产卵，从而产出小果蝇。苍蝇水果腐败了以后它才会来的，危害不大。
3、物种：苍蝇幼虫是蛆，是未成熟体果蝇和苍蝇幼虫区别就是这是两种生物并且一种是发育完全的个体而一个只是幼虫。
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