刘健，字希贤，洛阳人。父亲刘亮在三原任教谕，很有学问，操行也好。刘健年轻时端庄持重，与同乡阎禹易、白良辅一起出游，得到河东薛蠧的学脉。天顺四年(1460)，考取进士，改任庶吉士，授编修职。谢绝交往，闭门读书，人们认为他质直刻板，然而他熟习典故，有经国济民的志向。
成化初年，修《英宗实录》时，朝廷起用正在居丧的刘健，刘健再三推辞，朝廷不同意。书完成后，刘健升为修撰，又连续升三级任少詹事，担任东宫讲官，为当时的太子(即后来的孝宗)所赏识。孝宗继位，刘健升为礼部右侍郎兼翰林学士，进入内阁参预机要事务。弘治四年(1491)，晋升尚书兼文渊阁大学士，又加封太子太保，改任武英殿大学士。十一年春天，进衔为少傅兼太子太傅，代替徐溥任首辅。
刘健的学问精深，外表严肃，敢于发表意见，以天下为己任。清宁宫发生火灾，太监李广畏罪自杀。刘健与同事李东阳、谢迁上疏说：“古代帝王没有不遇到灾害而恐惧的，向来奸人佞臣炫惑圣明皇帝的视听，贿赂流行，赏罚失当。灾异的积累，正是这些原因，现在所幸首恶消除，陛下开始醒悟，然而余恶尚未除尽，过去的积弊尚未革除，我愿意奋发有为于政事，举荐贤才，贬退奸恶，赏罚分明。凡是所应当施行的，果断处置毫不犹豫，不再因循守旧，以免后悔。”孝宗正赞赏接纳刘健的意见，而李广同党蔡昭等随即取到圣旨，给予李广祭祀安葬和祠堂牌匾，刘健等极力劝谏，仅停祠堂牌匾。南北言官一一陈述时政，多次进行评论、弹劾，皇帝一概不理睬。国子监生江王容弹劾刘健、李东阳堵塞抑制言路。孝宗安慰挽留刘健、李东阳，而将江王容下狱，刘、李二人极力救助，江王容才被释放。
成化十三年(1477)四月，大同有敌情警报，京城戒严。兵部要求对京营诸将领进行鉴别，孝宗召刘健、李东阳和谢迁到平台面议对诸将的去留。免去遂安伯陈韶等三人，而召镇远侯顾溥统率团营。当时孝宗上朝很晚，刘健等为此劝谏孝宗，孝宗仅点头而已。
十四年(1478)秋，由于战事发生，部队缺乏军饷，为此孝宗屡次要朝廷大臣讨论此事，刘健等说：“天下的财力，它的增加是有限的。现在光禄寺费用每年增加几十倍，各地织作作坊一味追求新奇精巧，请斋醮祭祀每天耗费以万计。京城储粮的大仓不能满足军队的粮食需要，而内府从太仓取粮动辄就是四五十万。皇亲贵戚请占田地，夺取盐利的，也是数千万计，大兴土木，横征暴敛。传奉冗官的官俸禄，内府工匠的口粮，年增月积，没有到头的日子，财富怎会不匮乏？现在陕西、辽东边防战事正激烈，湖广、贵州军队相继调动，不知靠什么满足军队的需要，希望陛下杜绝无益的花费，亲自带头推行节俭，作为中外的表率而使群臣得以竭尽其诚，谋求革除时弊的良策，这是国家的幸运。”
第二年四月，刘健借灾异向皇帝陈述要勤于朝讲、节省费用、停办斋醮、赏罚公平几件事。到冬天，南京、凤阳发大水，廷臣多次上言时务，许久没回音，刘健等为此立即向孝宗陈述怠慢朝政的过失，请求皇帝勤于听取朝臣的意见，以振朝纲，孝宗都赞许地接受其进言。《大明会典》完成，加封刘健少师兼太子太师、吏部尚书、华盖殿大学士。与李东阳、谢迁一同接受皇帝赏赐的蟒衣。阁臣得赐蟒衣自刘健等开始。
孝宗事奉两宫太后很恭敬小心，而两宫太后都推崇佛道二教。先前，清宁宫建成，孝宗命灌顶国师设坛庆贺，又派宦官携带真武像，在武当山设置祭坛，派使者上泰山献神袍，或者大白天在街市上到处点灯。孝宗很怕违背太后的旨意，曲从逢迎，而刘健等极力劝谏。十五年六月，下诏拟撰写《释迦哑塔像赞》，十七年二月，下诏命在朝阳门外建延寿塔，任命道士林永祺等五人为真人，这些都因刘健等力谏方罢。
这年夏天，小王子图谋侵犯大同，孝宗召见阁臣商议对付的办法，刘健请求精简京营大帅，接着说京军怯弱不足以应战，请求从现在起停止京军的劳役以蓄养锐气。孝宗表示同意。退朝后又上奏章对边防事宜建言，孝宗全都允准。不久，边境紧急战报交替传来，孝宗受宦官苗逵的蛊惑要出兵。刘健、李东阳、谢迁进行阻止，孝宗犹豫不决。兵部尚书刘大夏也说京军不能动，这才没出兵。
孝宗自十三年，召见刘健等后，阁臣很少能见到皇帝，这时在位已久，更加熟悉政事，数次召见大臣，要依次革除繁法苛政，消除积弊。曾经论及理财事，李东阳极力说明盐政的弊病，由于需求者众多，因而私盐贩运数倍增长。刘健说：“太祖时茶法刚开始施行，驸马欧阳伦因为私自贩茶被判死刑，连高皇后都不能救他。欧阳伦这样的事谁敢跟陛下说。”孝宗说：“不是不敢说，而是不肯说。”于是诏令户部核实利弊，全部奏报朝廷。
当时，刘健等三人同心辅政，竭心尽力，知无不言。孝宗开始有的听取有的不采纳，不久刘健等更为孝宗所信任，其所奏请的事项无不接纳，不呼刘健之名，而称先生。每次晋见，孝宗总是屏退左右的人，左右的人偶尔从屏风里偷听，只听见孝宗每每称好，对任免文武大臣，治理整顿屯田、盐政、马政等各项政事，刘健辅佐协助最多。
不久，孝宗病危，召刘健等到乾清宫。孝宗挣扎着坐起来，很详细地叙述在位前后的情况，命令近侍记下来。说完后，拉着刘健的手说：“先生辈辅导勤苦。太子聪明，但年纪尚幼，好安逸游乐，先生辈要常劝他读书，辅佐他成为贤主。”刘健等哽咽着叩头领命而出。第二天孝宗去世。
武宗继位，刘健等对诸弊政进行治理。凡是孝宗所想兴办或罢免的全都以遗诏形式下令施行。刘瑾是原东宫太监，与马永成、谷大用、魏彬、张永、丘聚、高凤、罗详等八人一同受重用，时称之“八党”，每天带领武宗游玩嬉戏，诏书所颁列的条款一概阻止不去实行。京师从六月到八月下雨。刘健等上言道“：陛下登基诏书发出，全国欢呼，盼望太平。到现在两个月了，未听说精简多少闲散人员，节省多少糜费。诏书所载，仅仅是一纸空文。因此阴阳失调，晴雨失常。如监局、仓库、城门及四方守备内臣增置几倍，朝廷养军匠花费数以万计，仅仅为了满足军队的役使，却不愿淘汰。对那些荒废职事、糜费俸禄的文武大臣怎可不贬斥？给画史、工匠滥授官多至几百人，怎不罢免？内承库年开支白银数百余万两，并无记录，司钥库贮存钱数百万，也不知有否，怎不查核。至于释放皇宫花园的珍禽奇兽，遣散前朝宫人，都是新朝政事，首先需要办理的，而陛下全然不去施行，拿什么去抚慰全国臣民的期望呢？”武帝虽然回复语气和缓的诏命，然而左右的宦官一天比一天放纵，各种费用日益增多。武宗享祀郊庙，宦官带刀披甲簇拥在圣驾后面。内府诸监局佥书多到一百几十人，光禄寺每天的供应骤增几倍。刘健等尽力陈述其弊病，请求武宗勤于政事和讲学，武宗只说知道了。
正德元年(1506)二月，武宗听从尚书韩文的话，京城地区皇庄由有司征税，而每庄仍留宦官一人、校尉十人。刘健等说“：皇庄既然是供奉两宫太后的，就应该全部交付有司管理，不应该仍由私人主管，反而失去朝廷尊亲的本意。”接着详细地说明内臣管理庄田侵扰百姓。武宗不理睬。吏、户、兵三部以及都察院各有奏疏，争论职权范围，为皇帝身边的佞臣所阻挠。刘健等草拟旨文，武宗不同意，令重新草拟，刘健等极力劝谏，称：“奸商谭景清的败坏盐政，北征将士的无功授官，武臣神英的负罪轻视法令，御用监书吏坏乱考试制度，都是以一二个人的私恩，破坏了百年定制。况且现今政令维新，而地震天鸣，白虹贯日，恒星白天出现，太阳无光。内贼横行，外寇猖獗，财匮民穷，埋怨毁谤交相发生。而朝廷内外不法臣僚正乘机作恶，排除忠直人士如排除仇敌，保护奸佞小人如保护亲生骨肉。这种情形一天比一天严重，祸变的到来恐怕不远了。臣等受到先帝的信任，被当作心腹。近来圣旨从宫中颁下，丝毫不让我等知道。如有所筹划竟听从奸臣随意改变。诸如此类，不可胜举。臣等如再顾惜自己的身家性命，一起阿谀顺从，那么就欺上误国，死有余辜。所拟定的四疏，不敢再更改，谨以原来拟定的进献。”武宗不理。
过了几天，刘健又说：“臣等时遇先帝临终授予遗命，诚恳地将陛下托付臣等，对此知遇之恩，臣等刻骨铭心，发誓以生命作为报偿。陛下的即位诏书颁发后，天下人伸长脖子盼望政事革新，然而朝令夕改，迄今无安宁的日子。百官各府，仿效成风，不是搁置不行，就是完全改变了诏令本意，敢于上言的认为是多话，干事的认为是无中生有，接连上奏说是轻慢打扰，治理剔除弊政说是变乱更改；对于有关民生国计的事，则置若罔闻，有关涉及到近幸、贵戚的事，则竭力保护牢不可破。臣等心里知道不能说这些，从君臣之义上说应当知无不言，比如对盐法、赏功诸事的上言全面地陈述了其利害。期待数日，未见批复。如果认为臣等说的对，应当下令施行，如果说的不对，就应当斥责。而搁置宫中不回复，就像没有这件事。政出多门，过失归于臣等。宋儒朱子曾说：‘一天在于其位，则一天尽职于其官职；一天不尽职于其官职，则不敢一天立于其位。’如果只冒顾命大臣之名而不尽辅导之实，既有负先帝，又负于陛下，天下后世将会说臣什么呢？恳请陛下明察，特此赐臣退休。”武宗好言安慰挽留，但刘健所拟四疏仍不批下来。
过了五天，刘健等又上疏，一一列举政令十大失策，指责贵戚、近幸尤其痛切。接着再次重申以前的请求。武宗不得已，才将前疏批下来，命令主管部门详细商议。刘健知道自己的志向终归行不通，首先上奏章恳请退休返乡，李东阳、谢迁接着也提出退休请求，武宗都不批准。不久主管部门商议结果出来，与刘健的要求相符。武宗勉强表示同意，于是诸失利者都对刘健恨得咬牙切齿。
六月六日，刘健又上言说：“近日以来，陛下不上朝的时候太多，处理奏章等政务越来越晚，游玩嬉戏面更广，径直命令停止御前讲席。臣等愚昧，不知陛下宫中有何事比这还要紧的。滥赏胡乱花费是不能立崇尚节俭的风尚，射箭、钓鱼、打猎是不能修养仁人之心，鹰犬狐兔为田野之物，是不可以养在朝廷，持弓箭着盔甲是战事的象征不可以在宫禁里摆弄的。现在圣学很长时间不讲，对正直的人不信任，忠直之言听不进，下情不能上达，而这几者交杂在一起，臣不胜忧虑和恐惧。”武宗说“：朕听说帝王不可能无过错，贵在改过。卿等说的对，朕当改正。”刘健等于是记录廷臣所陈述有关时政的重要部分，请求放在皇帝座位旁边以早晚省察浏览；疏中还说不要单独骑马驰骋，轻易离开皇宫；不要频繁临幸宦官居所、乘船游湖；不要沉湎于养鹰犬拉弓射箭；不要接受内侍进献的饮食。疏呈送上去后，武宗回答知道了。先前，孝宗陵墓完工，刘健等即要求开御前讲席。武宗起初勉强答应，后来多次以朝见两宫太后停讲，或者说要骑马出行。刘健等对武宗进谏恳切至极。八月，武宗已经大婚，刘健等又请开讲，武宗下令等到九月，到期又命停午讲。刘健等拿先帝故例，要求每日二次进讲，力争没有结果。
当时，刘健等恳切地上疏劝谏多次，而由于武宗亲近小人，终究没有改变。不久派宦官崔杲等监督织造，求盐一万二千引。主管部门就此事上奏，给事中陶谐、徐昂，御史杜..、邵清、杨仪等先后进谏，刘健等也说不行。武宗召刘健等到暖阁面议，对武宗的许多责问，刘健等都给予恰当的回答，武宗见难不倒他们，最后严肃地说“：天下事哪能都是宦官所败坏，朝臣坏事的十有六七，先生辈也应明白这一点。”接着命崔杲所求的盐引如数发放。刘健等退下，第二次上奏章说不能这样。武宗自愧失言，就同意了刘健等所奏的。于是朝廷内外都高兴，认为武宗或许可以改过。
刘健等就谋划除掉“八党”，接连上奏章请求诛“八党”。言官也相互议论宦官罪状，刘健、谢迁及李东阳上的奏章很严厉。武宗派司礼到内阁说“：朕已改过了，那就为朕赦免他们。”刘健等说：“他们得罪祖宗，不是陛下能赦免的。”又上言说“：君王对于小人，不了解而误用，天下尚且希望君王了解后而除掉。了解了而不去掉则小人更加放肆，君子更加危险，以至于纷乱不停，况且邪正不可并立，现在举朝要除去这几个人，陛下又知道他们的罪行而留其在左右，不仅仅朝臣疑虑恐惧，这几人自己也不会安心。上下猜疑，朝廷的内外不合，祸乱就由此而起。”武宗不听。刘健等以辞职为挟进行谏争。刘瑾等八人十分窘迫，相对哭泣。而尚书韩文等又上疏，于是武宗命司礼王岳等到内阁商议，一天来三次，想将刘瑾等安置在南京。谢迁想就此诛杀刘瑾等，刘健推开几案哭着说：“先帝临终前，拉着我的手，将国家大事托付，现在坟土未干，而让此辈败坏到这种地步，臣死有何脸面见先帝！”刘健声色俱厉。王岳向来刚正疾恶，慨然说：“内阁议论得对。”宦官范亨、徐智等也这样认为。这天晚上，刘瑾八人更加着急，围绕在武宗面前哭。武宗发怒，立即将王岳等抓进诏狱，而刘健等不知道，正依仗王岳做内应。第二天，韩文倡导九卿伏阙再三谏争，刘健迎面碰着说：“事快要成了，公等只管坚持。”顷刻事情大变，八人都宽恕不问罪，而刘瑾执掌司礼。刘健、谢迁于是要求辞职，武宗赐敕书提供车马食宿，按照旧例付给月粮及每年的役工。
刘健退职以后，刘瑾还怀恨不已。第二年三月十日，拟诏列五十三人为奸党，以刘健为首，贴在朝堂。又过二年，削去刘健的官籍，贬为百姓，追回诰命文书。刘瑾被诛杀后，刘健恢复官职，后退休。后来听说武宗几次出巡游玩，总是叹息不进食，他说：“我有负先帝。”世宗即位，命官员送敕慰问，将刘健与司马光、文彦博相比，赏赐有加。到刘健年近九十岁，世宗诏令巡抚大臣到他府第送束帛、活羊、上等醇酒，封其孙子刘成学为中书舍人。嘉靖五年(1526)去世，终年九十四岁。留上数千言的遗表，鼓励世宗修身勤学，亲贤远佞。世宗惊悸悲痛，赏赐很重，追赠太师，谥号文靖。
刘健气度威严，以身作则。退朝后，同事私下晋见，他不说一句话。许进一伙要推荐焦芳进入吏部，刘健说：“老夫不久归田，这个座位将为焦芳所有，恐怕诸公都要受其所害了。”后来七人果为焦芳所排挤。李东阳用诗文引导后来人，海内人士都击掌谈论文学，刘健好像没听见，独教人研究经学，寻求性理的根源。其事业光明伟大，在明朝辅臣中很少有人可以与之相比。