1、水育秧法：水育秧是整个育秧期间，秧田以淹水管理为主的育秧方法，对利用水层保温防寒和防除秧苗杂草有一定作用，且易拔秧，伤苗少，盐碱地秧田淹水，有防盐护苗的作用，但长期淹水，土壤氧气不足，秧苗易徒长及影响秧根下扎，秧苗素质差，是我国稻区采用的传统方法，目前已很少采用。水稻育秧一般需要注意种子质量及种子处理、播种质量、最佳播种期、播种量（密度）、秧田肥水条件、土壤通透性、秧田管理及植物生长调节剂的应用等方面。种子质量好是指种子必须有较强的生活力，发芽势强，用这样的种子能够保证较好的种子基础。优质的种子再经过适当的处理(如晒种），就能够提高种子的发芽率和成秧率。
2、湿润育秧法：湿润育秧是介于水育秧和旱育秧之间的一种育秧方法，该育秧方式容易调节土壤中水气矛盾，播后出苗快，出苗整齐，不易发生生理性立枯病，有利于促进出苗扎根，防止烂芽死苗，也能较好地通过水分管理来促进和控制秧苗生长，已成为替代水育秧的基本育秧方法。较为常用的是塑料薄膜湿润保温育秧法，在湿润育秧的基础上，播种后于厢面加盖一层薄膜，多为低拱架覆盖。这种育秧方式有利于保温、保湿、增温，可适时早播，防止烂芽、烂秧，提高成秧率，在早春播种预防低温冷害来说十分必要。
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