1、液体石蜡保存法。液体石蜡保存法就是在斜面菌种或穿刺菌种表面覆盖一层液体石蜡，从而隔绝空气，减少菌种及培养物水分挥发，保藏温度要求在4℃下即可。将培养好的菌种斜面，缓慢倒入无菌的液体石蜡，使石蜡高出斜面顶端1厘米，直立放置，低温保存就可以，霉菌、放线菌、芽孢细菌可保藏2年以上不死，酵母菌可保藏1-2年。
2、沙土保存法。沙土保藏法是将菌种吸附在适当的载体上，而后进行干燥的保藏。将培养好的菌种接入沙土管内，用真空泵抽气至干。细菌、酵母菌、丝状真菌均可用此法保藏，前两者可保藏2年左右，有些丝状真菌甚至可保藏14-17年之久。
3、甘油管保存法。甘油管保存是利用微生物在甘油中生长和代谢受到抑制的原理达到保藏目的。配置30%浓度的无菌甘油，将培养好的菌种与甘油充分混合均匀，放入-20℃保存。
4、冷冻干燥保藏法。冷冻干燥保存法就是将菌种与保护剂混合均匀后，快速冷冻，然后在减压下利用升华现象除去水分，兼具低温、干燥、除氧三方。干燥后的菌种在真空环境下可长期保存。
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