1、所属的不同，蛤蜊属于蛤蜊科动物，蚬子属于蚬科动物。
2、外形的不同，蛤蜊的壳长为36到48毫米，高为34到46毫米左右，贝壳为两片，比较厚，一般为四角形，而蚬子大约长40毫米、高30毫米，外壳比较坚硬，外形为正三角形。
3、种类的不同，蛤蜊的种类比较多，其中中国沿海比较常见的蛤蜊有西施舌、四角蛤蜊以及中国蛤蜊；而蚬子主要有花蚬子、黄蚬子以及白蚬子。
4、分布的不同，蛤蜊在全世界都有一定的分布，其中在中国、日本、韩国和澳大利亚分布较多；蚬子也是世界性分布，但在中国主要是分布在南北海区。
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