1、黄芩种子经收集后去净杂质，最后放于布袋中置阴凉干燥处贮藏。
2、黄芩种植不管是用种子繁殖还是无性繁殖，当年均可开花结出果实，但以生长2~3年的植株所产种子质量为好。黄芩花期在7~9月，长达3个多月，果熟期在8~10月，待果实成淡棕色时采收。而黄芩种子的成熟期很不一致，且极易脱落，所以应分期分批采收，需随熟随收。为了防止自然客粒，采收时可用手捋，最后可连果枝剪下，也可将整个花序剪下后晾干或晒干，打下种子。
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