侯蒙字元功，密州高密人。未成年时，有好名声，急义好施，有时一天挥霍千金。考中进士后，调任宝鸡尉、柏乡知县。百姓诉讼都在县衙判决，受罚者没有怨意。转运使黄..听说他的名声，准备推荐他，召他到转运司陈述政事，侯蒙因为要出县境不肯前往。黄..大怒；后来巡视各县，检阅文书，想找岔治他的罪；后来没有一处可以指责，就以宾客之礼相见，说：“你真是个能干的官吏啊。”黄..率领诸使联合推荐他。徙任襄邑知县，升为监察御史，进升殿中侍御史。
崇宁年间星象变异皇上征求政事建议，侯蒙上书条陈十件事，分别是：去冗官，容谏臣，明嫡庶，别贤否，绝幸冀，戒滥恩，宽疲民，节妄费，外戚不要干预政事，宦官不得掌权。徽宗予以采纳，有重用他之意，升任侍御史。
西边将领高永年死在羌地，徽宗大怒，亲自书写五路将帅刘仲武等十八人姓名，令侯蒙前往秦州逮捕审讯。将出发时，任命他为给事中。侯蒙到秦州，仲武等人穿着囚服听候命令，侯蒙告诉他们说“：你们都是侯伯，不能让狱吏污辱你们，依次讲出实情吧。”案件还未上报，朝廷任命他为御史中丞。侯蒙上奏说：“汉武帝杀死王恢，不如秦缪公赦免孟明；子玉被缢杀而晋侯高兴，孔明死而蜀国被轻视。现在羌人杀死我国一个都护，而让十八位将领因此而死，这是自己毁坏自己的肢体啊。要想身体不得病，可能吗？”徽宗醒悟过来，赦免他们不予追问。
侯蒙升任刑部尚书，改任户部尚书。这年郊祭朝廷预先办理，尚书主管政事。这时，皇帝秘密告诉他。侯蒙回答说：“用财利讨好君主而进升，我不敢这样做。”遭母丧，守孝期满，恢复旧官，于是任同知枢密院。进升尚书左丞、中书侍郎。在此之前，御史中丞蔡鑊大力诋毁张商英的私事，皇帝下旨命令举行廷辩。侯蒙说“：商英虽然有罪，但他是宰相；蔡鑊大力诋毁，虽是言官，但他是从臣。让他们廷辩，岂不有伤国体？”皇上认为是这样。一天，皇上从容问侯蒙说：“蔡京这人怎么样？”侯蒙回答说“：假如蔡京能心术端正，即使古代贤相也无法比拟。”皇上点头称是，而且让他秘密侦察蔡京的行为。蔡京听说后怨恨他。
大钱法有弊端，朝廷准备改十为三，主藏吏来报告说“：诸府都把大钱拿到市场购物，都怀疑法令会改变。”侯蒙说：“我们府里积钱有多少？”守藏吏回答说：“八千缗。”侯蒙吼道：“怎么会有变更而我不知道的呢？”第二天，诏令下达。曾经又有几件事侯蒙单独受诏，蔡京不知道；蔡京侦察得知，告诉皇上，皇上说：“侯蒙也这样吗？”罢贬他为知亳州，不久加任资政殿学士。
宋江在京东作乱，侯蒙上书说：“宋江以三十六人横行齐、魏，官军数万没有敢抵抗的，他的才能一定过人，现在青溪贼人作乱，不如赦免宋江，让他讨伐方腊来自赎。”皇上说“：侯蒙身在地方不忘君主，是个忠臣啊。”命他任东平知府，未到任就去世，终年六十八岁。追赠开府仪同三司，谥号为文穆。